Das Ökumenische Netzwerk wird von Basisgemeinden, Initiativen, Kirchengemeinden, Zeitschriften und von Organisationen gebildet, die zum Teil selbst wieder Netzwerke sind.

All diese Gruppen arbeiten in unterschiedlichen gesellschafts- und kirchenpolitischen Kontexten:

Einmal im Jahr treffen sich die Delegierten der Mitgliedsgruppen auf der Delegiertenversammlung (DV). Hier werden die Themen und Strategien des Netzwerks erarbeitet, Veranstaltungen wie etwa die Beteiligung an Evangelischen Kirchen- und Katholikentagen vorbereitet und neue Mitgliedsgruppen aufgenommen. Außerdem wählt die DV das Leitungsteam mit der Sprecherin und dem Sprecher für eine zweijährige Amtszeit. Dieses Team koordiniert die Arbeit der IKvu in enger Zusammenarbeit mit dem Bundesgeschäftsführer, gemeinsam vertreten sie das Netzwerk in der Öffentlichkeit.

Das kleine Büro der IKvu befindet sich im Oscar-Romero-Haus in Bonn. Es dient als erste Anlaufstelle, hier werden jedoch vor allem administrative Arbeiten erledigt, Bestellungen entgegengenommen und Medienanfragen weitergeleitet.

Das Ökumenische Netzwerk Initiative Kirche von unten ist seinerseits